El Magíster tiene como propósito formar graduados de excelencia en investigación de operaciones, quienes podrán enfrentar problemas complejos en gestión de operaciones, integrando herramientas matemáticas, económicas y tecnológicas. El programa habilita a sus graduados para desempeñarse en cargos de primer nivel en empresas de servicios y manufactura, donde la logística y las operaciones son fundamentales en su estrategia.

El Magíster en Gestión de Operaciones se inició en el año 2000.En el año 2001 el Magíster fue acreditado por cuatro años por CONAP. Posteriormente, en el año 2006, el programa fue reacreditado por cinco años.